Con la eliminación del ganado doméstico fue posible la recuperación del ciprés de las Guaitecas, situado en lugares de difícil acceso cercanos al lago Roca.
El estrato arbustivo está compuesto por el notro, fácilmente identificable por sus llamativas flores rojas; el calafate, una mata de frutos violetas y flores amarillas; el sauco del diablo, que se asocia a los lugares más húmedos del bosque. Las herbáceas están representadas por orquídeas, topa-topa, musgos, helechos y líquenes. También aparece aquí una planta carnívora, que se alimenta de insectos: la arvejilla, que cubre de azul las inmediaciones de los glaciares.
En la estepa, la escasa humedad y los vientos fuertes determinan la existencia de una flora adaptada a estas condiciones climáticas. Es por esto que las matas son bajas y compactas, y sus hojas tienen láminas pequeñas y están cubiertas con una espesa cutina que atenúa el proceso de evaporación.

El refugio del huemul
Se puede considerar que la fauna de la región es homogénea y no es muy distinta a la de otros parques que se sitúan en los bosques andino-patagónicos o subantárticos.
Entre los mamíferos sobresale la figura del huemul, uno de los dos ciervos nativos de este bioma. Muy buen nadador, posee constitución robusta, orejas grandes y anchas, y un pelaje de color pardo, algo más oscuro en invierno. Si bien en cierta época del año ocupa zonas bajas, el huemul hace un uso intenso de los ambientes de montaña. Se dispersa en verano por las partes más altas, donde se alimenta de los pastos de los mallines y praderas, como así también de arbustos, árboles jóvenes y varias herbáceas, siempre cerca del bosque, donde busca refugio de predadores como el puma. Cuando llega el invierno el huemul baja a los valles en buscan de comida; es aquí donde corre riesgo su preservación ya que esas áreas han sido modificadas por el hombre, por lo tanto le resulta más difícil alimentarse. A esto se suma el desplazamiento que podría sufrir por el ganado cimarrón y la continua caza furtiva de la que es objeto.
Entre los felinos encontramos al puma, al que los estancieros declararon la guerra en base a una exagerada valoración de su impacto sobre el ganado doméstico.
Las aves acuáticas destacables son los cauquenes o avutardas, los cisnes de cuello negro y las gallaretas. Los distintos estratos del bosque, por su lado, cobijan picaflores, especies terrícolas como el esquivo chucao y el tapacola. Los carpinteros patagónicos son muy vistosos cuando trepan sobre los troncos de los árboles. Entre las rapaces, resultan abundantes el águila mora y el cóndor andino.
En la estepa, en cambio, es muy común ver guanacos, choiques o ñandú petiso, como así también zorros colorado y gris, los cuales a veces merodean en los bosques.
En el parque hay ganado cimarrón, que es nocivo para los renovales de las distintas especies vegetales que crecen en la zona.
La fauna ictícola nativa la integran el puyén, las peladillas, el pejerrey patagónico, el bagre aterciopelado y los diminutos bagrecitos de arroyo. La introducción de los salmones y truchas exóticas resultó nefasta para estos peces autóctonos, que fueron predados por estas grandes especies foráneas hasta casi su exterminio.

Itinerarios
En la zona sur del parque encontramos el glaciar Perito Moreno ubicado frente a la península Magallanes. Allí se halla una pasarela desde donde es posible apreciar los desmoronamientos de grandes masas de hielo provocados por el resquebrajamiento del frente del glaciar. Existen diversas excursiones, una lacustre y otra que consiste en una caminata sobre el glaciar Moreno.
Por el brazo norte del lago Argentino se realizan también excursiones lacustres, que parten desde punta Bandera para luego acercarse al glaciar Upsala. El paseo continúa hasta la bahía Onelli, desde donde parte un sendero autoguiado que culmina en el punto de convergencia de los glaciares Agassis, Bolado y Onelli en un bellísimo entorno poblado por lengas, ñires y leñas duras. El viaje puede extenderse hasta el glaciar Spegazzini, Mayo y Frías, a través de una fascinante excursión terrestre.
En la zona del lago Viedma se encuentra la localidad de El Chaltén desde donde se accede a los circuitos que recorren el macizo cerro Fitz Roy o Chaltén, el cerro Torre y los puntos de entrada al hielo continental patagónico. Recuerde que la ascensión a estos picos tienen que realizarse previo registro en la seccional de guardaparques.
En el parque existen sitios habilitados para acampar, los cuales durante la época estival se colman al máximo de su capacidad, por lo que debe consultarse al guardaparque antes de instalarse.