Entre las aves acuáticas se destacan los cauquenes o avutardas, los cisnes de cuello negro, los patos vapor (el volador y el no volador), el pato de los torrentes (fácilmente observable en el río Pipo) y el albatros de ceja negra, muy frecuente en la bahía Lapataia, entre otros. En los ríos y lagos hallaremos al macá grande y al martín pescador grande, habitualmente en la búsqueda de sus principal alimento, los peces.
Los distintos estratos del bosque, cobijan numerosas especies de aves, como el comesebo patagónico, el fringilo y, recorriendo los troncos de los árboles, encontraremos a los carpinteros patagónicos, corpulentos y de llamativa cabeza roja.
Las rapaces, como el águila mora, el carancho, el chimango y el cóndor andino, son comúnmente vistas, ya sea sobrevolando los bosques o los cerros a gran altura.
Entre las rocas de la costa del canal de Beagle, abundan los invertebrados marinos como las cholgas, los mejillones, las lapas, los caracoles y crustáceos como las preciadas centollas.
La fauna ictícola nativa la integran el puyén, la peladilla y el róbalo. Este último habita las costas marinas adyacentes y constituye un valorado trofeo para los pescadores deportivos.

Invasiones indeseadas
En el parque, el mayor problema de conservación está representado por las especies animales exóticas. El castor por ejemplo, aprovecha los cursos de agua (ríos y arroyos) para construir diques, los cuales forman un amplio espejo de agua que inunda los alrededores, ahogando así a las especies arbóreas nativas. Para realizar estos diques, se sirven de ramas y troncos que derriban ellos mismos con sus poderosos dientes incisivos.
El permanente ramoneo de los conejos, especialmente en la zona de bahía Lapataia, ha motivado un grave retroceso de los vegetales nativos, que se ven obligados a crecer en forma achaparrada. Asimismo, estos animales construyen sus cuevas sobre los yacimientos arqueológicos en depósitos de conchillas de la costa, de endeble consistencia, lo que ocasiona una destrucción a veces total e irreparable de tan valiosos testimonios culturales.
También se encuentra diseminado por casi toda la isla el zorro gris, que pese a ser un habitante de amplias zonas continentales de la Argentina, originalmente no estaba distribuido en Tierra del Fuego. Su introducción implicó, aparentemente, la predación sobre numerosas especies de vertebrados nativos y la competencia con el zorro colorado fueguino.
Por otro lado, la ingresión de salmones y truchas exóticas en los lagos y ríos, resultó nefasta para los peces nativos, que en muchos lugares fueron consumidos por estas grandes especies hasta casi su exterminio.

El país de los canoeros
Este parque es uno de los pocos que atesora riquísimos testimonios de los primeros grupos humanos habitantes de nuestra geografía.
La isla de Tierra del Fuego estaba ocupada, antes de la llegada del hombre blanco, por tres grupos indígenas: los selk'nam u onas, los haush o manek'enk y los yámana o yahganes. Estos últimos habitaban las islas, islotes y canales vecinos al cabo de Hornos, así como las costas del canal de Beagle. Allí más tarde se instalaría la ciudad de Ushuaia y, en la bahía Lapataia, el Parque Nacional Tierra del Fuego.
Los yámanas eran de hábitos trashumantes, lo que les valió el apodo de "nómades del mar". Se movilizaban por los canales en frágiles pero rápidas canoas, construidas con grandes planchas de corteza de guindo y varillas de madera, todo perfectamente unido y cosido con tendones de animales marinos. Dentro de las mismas siempre llevaban, sobre rocas, un fuego encendido. Remaban únicamente las mujeres, los niños permanecían en el centro y el hombre se situaba en la proa, en espera de la aparición de los animales que cazaban. Usaban lanzas y arpones de punta de hueso, cuidadosamente trabajados.
Tenían sus campamentos en las playas, donde instalaban precarias chozas de ramas y troncos. Luego de dos o tres días abandonaban el lugar en busca de otro sitio.
Su alimento lo componían lobos y nutrias marinas, aves costeras, peces, algún delfín o ballena que varaba accidentalmente en las costas y en ocasiones cazaban los guanacos que descendían a los valles en invierno. Pero su principalmente sustento eran los moluscos costeros, que, aunque pocos nutritivos, eran una fuente de recursos casi inagotable y presente durante todo el año. Como evidencia de la gran cantidad que consumían, se encuentran los "conchales", que abundan en las costas de bahía Lapataia, dentro del parque nacional. Estos notables montículos de conchas de mejillones, huesos y dientes de animales marinos, nos indican un sitio de campamento. También allí se aprecian elementos de uso cotidiano como arpones, plomadas y raspadores.
Estos aborígenes vivían casi desnudos, con solamente una capa corta de cuero de lobo marino y, a veces en invierno, se cubrían los pies con un simple calzado.Aunque no sufrieron persecuciones y matanzas, los yámanas fueron exterminados por las enfermedades que les contagió el hombre blanco. La sífilis, el sarampión y la tuberculosis llevaron a que en 1884 quedaran solamente unos mil puros y en 1924 apenas cincuenta. Los descendientes de esta cultura, la mayoría mestizos, sobreviven en la isla Navarino (Chile).

Itinerarios
En el parque puede accederse al canal de Beagle, por dos vías. Una es el corto camino a bahía Ensenada, de unos 2 km de longitud, a través del cual se llega a la costa. Desde este sitio se aprecia la isla Redonda y es un excelente lugar para disfrutar con tranquilidad del paisaje, ya que es menos visitado que la bahía Lapataia.
La otra vía de acceso es por la bahía Lapataia, el sitio más concurrido por el público. Allí culmina la ruta nacional Nº 3, luego de recorrer casi la mitad de la Argentina. Transitando el camino, que atraviesa los ríos Lapataia y Ovando y el archipiélago Cormoranes, llegaremos al centro de interpretación y al conchero yámana. Desde este punto tendremos una amplia visión de la Bahía donde se pueden observar con facilidad la gran variedad de aves marinas y, eventualmente, grupos aislados de lobos marinos y marsopas.
Existen dos senderos interpretativos autoguiados: el de la laguna Negra, que recorre un turbal y donde se puede apreciar la drosera, pequeña planta carnívora, y el sendero Los Castores, que transita por una castorera abandonada.
Para realizar travesías más prolongadas se recomienda: el sendero de 4 Km. de longitud que conduce al Hito XXIV  y el de 2 Km. que lleva a Pampa Alta. Desde este punto se disfruta de una bellísima vista del canal de Beagle, de la bahía Yendegaia, en Chile, de la isla Redonda y de las bahías de Ushuaia y Ensenada.  La travesía al lago Fagnano se realiza por un sendero que recorre valles, ríos y montañas. Debido a que su duración no es menor de dos días, requiere una previa y rigurosa preparación del equipo y la correspondiente autorización del guardaparque nacional de turno. También es posible realizar pesca deportiva de truchas, respetando las épocas de veda.
Los que quieran entrar en íntimo contacto con la naturaleza, disponen de cuatro áreas de acampe libre y una paga, la cual dispone de baños y agua caliente.